داستان LEGO Batman 2 ساده، اما بامزه است. قرار است طی مراسمی، به مرد برتر سال جایزه اهدا شود و بروس وین (Bruce Wayne) و لکس لوثور (Lex Luthor) نامزدهای این جایزه هستند. بروس وین جایزه را می برد، ولی خوشحالی او خیلی زود به پایان می رسد، چون جوکر (Joker) به همراه خلافکارهای خود به مراسم حمله می کند و یک شورش بزرگ به پا می کند. بتمن (Batman) و رابین (Robin)، جوکر را دستگیر کرده و او را به زندان می اندازند، ولی در ادامه لکس لوثور تصمیم می گیرد که رئیس جمهور شود و قصد دارد این کار را از راه خلاف انجام دهد. او به قدرت جوکر نیاز دارد، بنابراین جوکر و تمامی زندانی های خطرناک Arkham Asylum را فراری می دهد. بخش اصلی داستان از اینجا شروع می شود و حالا شما باید در قالب بتمن و انجمن عدالت از شهر Gotham دفاع کنید. LEGO Batman 2 در حالیکه آنچنان به داستانی بزرگ نیازمند نیست، یک روایت جالب، ولی مختصر به همراه دارد که پر از شوخی و صحنه های خنده دار است.
